cas9 gRNA设计原则

fwyou

群友好，/ _; C0 d2 [% v6 {
不知道那位群友在做cas9，设计的gRNA怎么能确定有活性呢？或者说，设计3-4条gRNA，起码保证有2条有活性的，就像我们设计PCR引物，基本都可用。gRNA设计原则是什么呢？排除最需要注意的PAM模块？

l19rna

这个zhang Feng 的nature protocol 写了啊，用他实验室的设计软件就很好啊% E2 b2 H' P$ D
7 [& V" [, ~; N; t- L0 y  _) R
Genome engineering using the CRISPR-Cas9 syste.pdf (1.08 MB)

2014-3-12 22:38 上传

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fwyou

但是这样子设计出了的本不能保准效率的。不信你自己做做

w343989328

多设计几条，我们会设计6-7条。而且不要集中在genome的同一区域，万一这个区域mutant掉没影响呢？
* y2 K8 c/ R: ?& C) l* W; F6 c转染后做T7E1 assay，提基因组PCR测序

l19rna

回复 fwyou 的帖子' e. h6 x* ^, z: p& W' q8 L

' U/ t+ |' n- d+ Z2 N5 V7 [" ^那你做TALEN也没人保证效率啊。6 G& W/ \' b: v* F, ~# V
肯定要多设计几条啊，还得跟你实验条件有关好不好有关

weiyepan

做了十几个，没试过做出来没有活性的。。。

fwyou

好吧！！谢谢啊 看来我是落后了

箫安安

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# X) W& `# i9 T+ R7 J/ Z& ?; m
% P$ ~! x) M. Y$ a! v. }+ `/ P3 J这个软件是用来设计gRNA的吗？我现在急需设计，但不知道通过什么渠道，我是新手，没有包包，

细胞海洋

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qingxingruyu

嘿嘿，加油赚积分，获取权限