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[请教] 【跪求流式大神】分选的流式图总是shift [复制链接]

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楼主
发表于 2015-3-9 11:12 |只看该作者 |正序浏览 |打印
本帖最后由 w343989328 于 2015-3-9 11:12 编辑
/ z! u' R4 C4 S
$ J* @2 s6 _, N( y9 E& L先说一下我实验的一些情况,我要从组织中分选一类细胞,两个表面抗原,一个正筛一个负筛。用的都是间标的抗体,杂一二抗。
) z. g# {, |5 [7 U; JA抗体来源于大鼠,连着生物素的单抗,用Alexa Fluor 488标记的链霉素作为二抗;; M7 u- {% m9 {# ?
B抗体为兔多抗,我用donkey anti-rabbit Alexa Fluor 555作为二抗。
& G% ~, m& a9 f* b学校的流式分选仪器是BD的AriaII,有358nm, 488nm, 633nm三种激发光,因此我这两个抗体只能选择488来激发。
5 ?7 @) Q. Y% N! ]4 h) q: ], ~4 }- V) d7 `. w; G( ]& }+ ]
实验的步骤大概是这样子:组织经胰酶+DNase消化,过滤得到单细胞悬液,镜检、计数。调整细胞浓度到1*10^7cells/ml,加入抗体。冰上同时孵育两个一抗一小时,洗两次,敷二抗半小时,洗两次,上流式前5min加入Hoechst33342,以便在区分掉死细胞。0 M. y/ T* L# W0 z
2 i# O' W2 ^9 B  A
以下是几次重复的结果:& l9 I+ t  W# l) J" k3 f/ E
1.jpg
; u5 W0 P0 H& C2 k8 w首先是control组,不知道上头那坨东西是什么细胞(肯定不是死细胞,而且我抗体也不会加错),几次重复都或多或少有这么一群东西;5 g1 [; G1 j2 U7 i  k4 Z& {
其次,FITC通道勉强能有一群细胞出来,但是整个population,包括nagetive cells,都往右偏;
! u& t+ {/ q9 A& P7 X$ r而PE通道则整个群往上走,导致我没法分出细胞群。  V0 T" n9 f1 _# d2 K( j" N9 b
2.jpg   i6 a. q5 {7 K3 B, L
这次结果好很多了,单独PE通道能分出群,但是一旦加入A抗体,则整个群依然往右shift。我这里要强调的是,基本上这个领域内所有的文献都报道这两个抗原属于两种细胞,而且我自己IF的结果也显示两种荧光并不merge,所以这里理论上不存在说细胞同时表达两种抗原的可能。
3 n0 h0 |5 S  P" F0 T但是呢,加入A抗体后,基本所有的细胞都会往右shift,所以将PE阳性的细胞带出我用control框出来的门P4。我个人觉得这里应该不能用补偿把细胞往左调吧?
1 L/ i6 I+ t! _3 {# @: @ 3.jpg
4 L8 L& C+ B1 O2 i我重复了一次,和第二次的结果一样,细胞都是往右偏。# i6 j3 e( f- x! t' g3 i( m5 D" Y
- a6 G9 x0 e- v2 W0 s
一开始怀疑A抗体浓度过高或者孵育时间太久,但是减少浓度或者时间并没能改善结果。8 ^( D; ]5 n- K) k* W
0 [: l% d  M9 |' Z, Y% \" p6 }
不知道有没有大神能帮忙解惑,不胜感激!
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发表于 2015-3-10 13:56 |只看该作者
还是没看仔细 来回翻页好麻烦 你可以用DAPI 358激光器 可以 Ho33342和几乎所有通道有点补偿 所以很不好
9 }+ `5 @3 Z" p4 a/ h' |5 K
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发表于 2015-3-10 13:53 |只看该作者
你的流式根本没有能激发Ho33342的激光器 你用这东西搞笑了啊 DAPI你也不能用 你可以考虑用7AAD (PerCP5.5通道 488激光器激发)或是Draq7 (APC-CY7通道 633激光器激发)来区分死细胞 先去问问有没有那个通道 不要乱用东西
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发表于 2015-3-10 13:50 |只看该作者
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另外提醒你Biotin的流式抗体只要4度15分钟就够了 你的非特异信号太多了 另外一个抗体你最好查查是不是可以做流式 如果可以 15分钟足矣
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发表于 2015-3-10 13:46 |只看该作者
刚才没仔细看你的实验 你是两步法 一定要用IgG做对照 另外 没人有Ho33342区分死细胞 Ho33342是做SP用的 活死细胞都能染上的 你需要用DAPI或是7AAD 调阈值对于信号不会有任何影响 只是机器把输出信号小于阈值的部分不显示不记录而已 问题在于原代细胞不是一个纯的细胞群体 所以斜角问题和粘连很严重 你可以用FSC-A FSC-H 来区分单细胞和粘连群体 你去看看文章 做上皮细胞的 比如肿瘤 都是斜向的 所以没关系 不用担心 做好对照就OK了
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发表于 2015-3-10 13:46 |只看该作者
刚才没仔细看你的实验 你是两步法 一定要用IgG做对照 另外 没人有Ho33342区分死细胞 Ho33342是做SP用的 活死细胞都能染上的 你需要用DAPI或是7AAD 调阈值对于信号不会有任何影响 只是机器把输出信号小于阈值的部分不显示不记录而已 问题在于原代细胞不是一个纯的细胞群体 所以斜角问题和粘连很严重 你可以用FSC-A FSC-H 来区分单细胞和粘连群体 你去看看文章 做上皮细胞的 比如肿瘤 都是斜向的 所以没关系 不用担心 做好对照就OK了

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发表于 2015-3-10 12:06 |只看该作者
回复 w343989328 的帖子# N: b# p6 R# |% c7 g
) J# z/ Y; }; O6 S" W3 `0 Y
你有没有做iso抗体看看非特异性结合,我觉得你这种情况是非特异性结合造成的,不用太在意和担心。
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发表于 2015-3-10 10:49 |只看该作者
回复 zz091115 的帖子9 o8 }' K( \& {& o1 C7 E: h, @
2 p/ G- v6 X: c& P$ [
举例说明:
3 \5 `* g: x8 @2 y/ A9 w5 d调研下华人的身高、体重。调研员仅仅选取了欧美的华人取样分析,显然这样的调研数据会shift,欧美的华人是喝牛奶的,比我们这些吃米饭长大的身高、体重要大。
. L& r$ R' k( ~) `" H6 L$ P/ P) e6 ^我是怀疑你阈值没设定对,你的目标细胞有大有小,你的仪器设定天然的将一部份小细胞屏蔽了,实验结果仅仅显示了大细胞的特征,所以shift。, ?1 S# O4 z4 F$ ]& Q, u5 x' K: ]% i
个人推测。以前我也碰到过类似问题。空白本底其高无比,峰移出了阴性置信区间。
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发表于 2015-3-10 10:07 |只看该作者
回复 dollar007 的帖子% z- {$ h/ j8 @' ^! g1 p

  y' s- ^! U* S: R8 Z* k谢谢你!可是我觉得这里的shift跟SSC FSC两个参数没太大关系啊。
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发表于 2015-3-10 09:20 |只看该作者
和机器 补偿什么的没有关系 是细胞本身的原因 你做的应该是上皮类细胞 如果是血液系统一般就不会
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